Главными направлениями научной деятельности ВНИИСПК в настоящее время являются: создание новых конкурентоспособных сортов плодовых и ягодных растений, пригодных для выращивания по современным интенсивным технологиям; разработка теоретических и методических основ создания новых форм плодовых и ягодных растений с использованием методов комбинативной селекции, полиплоидии, ДНК-маркирования и биотехнологии; мобилизация, сохранение и изучение мирового генофонда плодовых растений и их диких сородичей для использования в селекции; совершенствование имеющихся и разработка новых ресурсосберегающих технологий производства плодов, ягод и посадочного материала на базе новых сортов. Определены и активно развиваются приоритетные направления селекции, отражающие потребности современного садоводства и нацеленные на решение его проблем. Ведущими из этих направлений являются: селекция на морозо- и зимостойкость, на иммунитет и высокую устойчивость к болезням и вредителям, слаборослость и компактность габитуса, пригодность к механизированной уборке урожая, высокую самоплодность, улучшенный биохимический состав и вкусовые качества плодов, пригодность их к различным видам переработки и хранению, селекция на полиплоидном уровне и др. Десятилетиями тщательно подбирался селекционерами и сортоведами, анализировался и использовался в селекции коллекционный фонд плодовых и ягодных растений, в который привлечены основные мировые достижения по изучаемым культурам. Несмотря на динамичность и постоянное обновление, он является одним из самых крупных в стране.